鳳鼻頭考古遺址最早是在1940年代由日本人金子壽衛男發現；第二次世界大戰末期，考古學家坪井清足在鳳鼻頭考古遺址山坡挖掘戰壕時，發現夾雜許多陶片和石器的地層（文化層）戰爭結束之後他便開始進行研究並寫成報告發表。
鳳鼻頭考古遺址
遺址範圍圖國定鳳鼻頭考古遺址土地使用分區圖
鳳鼻頭遺址雖早於1965年雖已進行考古研究工作，但直到要到1992年，宋文薰等才首度劃設本遺址的範圍。但這個遺址範圍卻因歷年調查與試掘區域的差異而略有修訂，直至劉益昌2018年才補足遺址內所有區域的調查研究工作。
而目前，雖然鳳鼻頭國定考古遺址劃設的範圍，僅集中於遺址內保存史前文化層的核心區，但實際的遺址範圍與遺物出土地點，分布的範圍則更廣，為史前人類廣域的活動範圍。
遺址大事記
民國30年(西元1941年)
日本學者金子壽衛男先生，為首位發現遺址者，當時稱為「中坑門貝塚」。
民國30~32年(西元1940年代前後)
國分直一多次調查南部地區考古遺址，1943年與金關丈夫藉由臺灣中、南部幾處遺址採集的有肩石斧、有段石錛與黑陶、彩陶等器，探討臺灣史前文化與中國北方文化系統的關係。
民國43年(西元1945年)
坪井清足於鳳鼻頭遺址附近服兵役，因挖掘戰壕之際適巧發現史前文化層，其後首度以「鳳鼻頭」為名，就「彩色陶及紅色陶」、「黑色陶及褐色陶」兩陶器群討論文化層疊壓關係。
民國54年(西元1964~1965年)
民國69年(西元1980年)
將遺址文化層分為大坌坑文化、牛稠子文化、大湖文化、蔦松文化。
民國75年(西元1986年)
黃士強先生於《臺灣史前文化簡介》提出鳳鼻頭文化一詞。
民國83年(西元1994年)
劉益昌、楊鳳屏《鳳鼻頭遺址的範圍與文化》中進行地表調查與試掘，以確認考古遺址三個文化層推積狀況，及初步劃定遺址分布範圍。
民國99年(西元2010年)
委託台灣打里摺文化協會首次調查遺址範圍內全區生態環境資源。
民國108年(西元2019年)
委託國立成功大學考古學首次研究調查遺址指定範圍西側、西北側、東南側等 3 區塊。
史前文化層與年代
文化層的形成是由於史前人類所留下的各種物品和痕跡，在士壤沖積的過程中慢慢地被埋進土裡，形成一層又一層堆疊的樣貌。因此，埋得越深的文化層，年代越老，在地層中的位置比較上方，埋藏深度比較淺的文化層，相對年代也比較晚。除了用上下位置判斷年代早晚之外，研究者們也會使用碳14定年分析法等等科學實驗來取得文化層的絕對年代資料。此外，藉由對遺留物的種類、樣式、製作技術和現象的分析，也能在一定程度上復原當時人群的生活樣貌。透過這些分析研究，研究者們發現在鳳鼻頭考古遺址中有好幾個史前文化層，各個史前文化都有自己的特色和存續時間，分別代表史前時代不同時期的不同人群。
近現代地層
包括清代、日本時代到現代人生活遺留的地層。
鳳鼻頭文化層(新石器時代晚期)
距今約3500-2000年前，出土遺物有紅褐素面夾砂陶、彩陶、黑陶和磨光黑陶。器型有罐形器、杯形器人碗形器等，並有陶紡輪、帶孔墜飾；石器有石斧、石鋤、石錛、石刀、石鏃、網墜、玦和石環等。另外還有骨尖器和貝塚等遺留。
牛稠仔文化鳳鼻頭類型(新石器時代中期)
距今約4300-3500年前，出土遺物以繩紋紅陶為主，並有部分夾砂紅、灰陶和泥質紅陶，器型有罐、奉、瓶、缽，並有陶蓋、紡綞、圈足。器型多樣且具有不同功能；石器主要為橄欖石玄武岩製，器型為石斧、石鋤、石鏃、石刀、靴形石斧（刀）、石錛等。
大坌坑文化層(新石器時代早期)
生土層與岩盤
未發現有人類活動痕跡的自然地層。
鳳鼻頭考古遺址的史前遺留
陶片
以陶土製成的各種容器，是古代應用最廣的器物。
陶紡輪
利用旋轉的方式將纖維旋繞成線束，是捻線不可或缺的工具。
穿孔石刀
薄片狀的有刃石片，穿洞後綁繩子在手上，用來收割穀栗。
石質斧鋤型器
長條片狀的打製石器，綁上木頭柄後可以用來鋤地，是不可或缺少的農具。
石箭簇
磨製精良的三角形箭簇，穿孔後與箭桿結合成箭支，用於狩獵。
除了探究器物的模樣與用途外，我們也可以從不同時代的器物去探究當代的生活軌跡及技術的演進！
