本建築物廢站不用至今未曾整修破舊不堪，於93年公告為市定古蹟，並委託樹德科技大學對本案作調查研究及修復計畫，於95年完成調查研究，結論如下：
1. 應儘速召開古蹟審查委員會，確定古蹟涵蓋範圍，並變更為保存區，以先於鐵路地下化工程之都市計畫與規劃設計之考量。
2. 古蹟本體其他建物、土地皆屬台灣鐵路管理局，未來是古蹟所有人要自行規劃再利用（亦或承租於他人），還是高雄市政府希望辦理土地與建物之撥用承租或委託市府管理，之後再予以規劃再利用。無論是採取如第七章所提之各種方法，首先需確認的是，未來修復與再利用之經費來源，以及其主導權之定位。
3. 若未來進行實質修復無法在一年內即刻實施，誠如4-4節小結所提出之緊急加固計畫有必要先行施作。
4. 未來在執行古蹟修復的過程中，因三塊厝火車站的木構件損毀，期待未來的規劃設計建築師，儘可能以修補的方式修復，減少至換構件數，如此才能達到修復及再利用的本質與意義。
5. 未來再利用的規畫上需考慮到社區對站體使用的期待，但在遠程的執行上，鐵路地下化車站與輕軌車站的實施都是一個相當大的變因。
為使古蹟避免受風雨影響而傾倒，鐵路局乃發包鋼棚架，鐵路局提供鐵軌作鋼柱、鋼樑，其他工料承包商負責，經費來源為鐵路局預算。由晉將營造有限公司承包施工，發包金額650,000元。於98年4月28日開工，98 年7月29日完工。
由於車站年久失修，古蹟破壞嚴重，西側廁所建築物已不見，僅剩勒腳牆。站屋屋架更岌岌可危，木構料蛀蝕嚴重尤其西側屋頂有塌陷，屋瓦滑落地面。經高雄市文化局、管碧玲立委及當地里長襄力支持下，鐵路局積極籌措財源，於99年2月委託修復設計監造案，經曾國恩、吳培暉、謝榮祥等委員的審查於100年10月13日完成發包，修復工程正式進行，保存古蹟文化資產。

第一章 前言1-1
第二章 規劃設計、審查及發包2-1
第三章 施工品質管理3-1
第四章 屋頂修復紀錄4-1
第五章 屋架修復紀錄5-1
第六章 牆體修復紀錄6-1
第七章 室內整修7-1
第八章 門窗整修、蟲蟻防治8-1
第九章 廁所新作紀錄9-1
第十章 消防水電工程10-1
第十一章 結論11-1