古蹟修復的目的主要是在延續古蹟生命、彰顯古蹟歷史。鳳儀書院興建於清嘉慶年間、光緒年間整修後即未有大規模的整修，除了具有歷史價值外，在李乾朗教授的調查研究中亦對鳳儀書院的古蹟價值作了清楚的指認，包括有：
一、為台灣所存規模最大的書院，且主要空間格局均相當完整。
二、保留了完整的清朝中葉嘉慶年間的建築風格，在台灣建築史上有年代考證及風格特徵上之學術研究價值。
三、建築技術高明，雕飾精美。
「原貌復原」雖是古蹟修復的終極目標，但由於受限於相關資料的缺乏及多經過歷次的整修，因此一般在進行古蹟修復時，多採依現況加以整修。而鳳儀書院雖在日治後即成為郡役所宿舍，國府來台後又租借於民眾居住，由於土地所有權歸屬於公部門所有，因此民眾在進行修改建時，多由古蹟本體往外延伸擴充以增加居住面積，對於鳳儀書院古蹟建築本體除少數部位外多未加以破壞拆除，使得古蹟空間格局得以被清楚辨識。其次受限於居住者眾多及土地為承租使用，居民對於原有的構造亦多未加以破壞，其牆體、屋架、屋頂多仍維持原有風貌。

目 錄
圖目錄 目錄-4
表目錄 目錄-8
相片目錄 目錄-10
第一章 前言
1-1 古蹟基本資料 1-1
1-2 古蹟歷史概述 1-2
1-3 古蹟建築特色 1-4
1-4 古蹟修復前概況 1-7
第二章 修復計畫
2-1 計畫緣起2-1
2-2 修復範圍2-2
2-3 修復原則2-3
2-4 修復方案2-5
第三章 整體修復工程綱要
3-1 修復工程概要 3-1
3-2 修復工程之招標 3-4
3-3 修復工程變更設計及再利用規劃設計 3-4
3-4 修復工程估驗與驗收3-8
3-5 參與人員3-10
第四章 前置作業及假設工程紀錄
4-1 前置作業 4-1
4-2 假設工程 4-2
4-3 拆除工程 4-8
4-4 保護措施及雜項工程 4-13
第五章 大木構架修復概要
5-1 大木作工程修復概要 5-1
5-2 廳事大木作工程 5-48
5-3 講堂大木作工程 5-66
5-4 試院大木作工程 5-88
5-5 左右學舍大木作工程 5-107
5-6 頭門大木作工程 5-113
5-7 施工成果討論與說明 5-131
第六章 小木作工程記錄
6-1 木作雕刻工程 6-1
6-2 木作門窗工程 6-19
第七章 圬作工程記錄
7-1 屋頂工程 7-1
7-2 牆體工程 7-74
7-3 牆面工程 7-118
7-4 地坪工程 7-142
第八章 石作工程記錄
8-1 石作清理調整工程 8-1
8-2 石材仿作工程 8-12
第九章 泥塑剪黏工程記錄
9-1 泥塑工程 9-1
9-2 剪黏工程 9-17
第十章 油漆彩繪工程記錄
10-1 木作彩繪油漆工程 10-1
10-2 灰泥壁畫彩繪工程 10-22
第十一章 環境景觀工程記錄
11-1 環境景觀整備工程 11-1
11-2 環境景觀工程概要 11-3
11-3 環境古蹟修復工程 11-10
11-4 環境非古蹟修復工程 11-35
11-5 服務前廳空間 11-70
11-6 機電服務空間 11-81
第十二章 蟲蟻防治工程記錄
12-1 舊木構件防逆加壓注射處理 12-1
12-2 舊木構件噴塗處理 12-8
12-3 牆面噴塗與木構件化學阻隔處理 12-15
第十三章 消防水電及監視系統工程記錄
13-1 消防工程 13-1
13-2 水電及弱電工程 13-8
13-3 監視系統工程 13-27
第十四章 工程品質管制、施工中發現及文物處置
14-1 工程品質管制 14-1
14-2 施工中發現及處理 14-45
14-3 文物處置 14-64
第十五章 工程行事與重要儀式
15-1 工程行事 15-1
15-2 重要儀式 15-5
第十六章 匠師工藝及傳承訪談
16-1 大木作匠師訪談 16-1
16-2 小木作匠師訪談 16-1
16-3 裝飾木作匠師訪談 16-1
16-4 圬作匠師訪談 16-2
16-5 泥塑剪黏匠師訪談 16-2
16-6 彩繪匠師訪談 16-2
第十七章 工程檢討及日常管理維護
17-1 工程檢討 17-1
17-2 調研、解體與修復之對照 17-10
17-3 修復後文資價值及建築特色 17-13
17-4 日常管理維護與建議 17-15
附錄
附錄一 審查階段及變更設計會議紀錄附錄 1-1
附錄二 工程驗收紀錄附錄 2-1
附錄三 工程來往公文及會議紀錄附錄 3-1
附錄四 材料送審及檢驗紀錄附錄 4-1
附錄五 審查意見回覆表附錄 5-1
附錄六 竣工圖附錄 6-1