本研究案為全面性調查研究，除了歷史研究，也進行建築特色研究及現況損壞調查，並依此提出修復、再利用及管理維護建議。旗後天后宮整體格局由三川殿、拜亭、龍虎井、正殿及左右廂房所組成，建築裝飾如陳玉峰的彩繪，雖遭燻黑，但仍被完整的保存。整體而言，天后宮的格局完整，且在空間、裝飾匠藝亦有相當高的造詣，在台灣建築史研究的上占有一席之地。另就歷史、建築、空間及藝術的全面性角度來看，天后宮均有其特質，甚至在某些層面更具有代表性。
天后宮全區建築本體有多處損壞，其損壞原因，大致可歸納為兩項：一為天然因素，因自然因素及蟲害所造成之損壞，如木構架，牆面裝修及裝飾損壞等；建築材料的老化，如石材風化。二為人為因素，在古建築原貌保存的觀念尚未落實的情況下，不當的修復與管理，亦會造成損壞。整體而言，旗後天后宮本身牆體的結構安全性尚屬安全，只是屋桁損壞、導致屋頂漏水，應盡快修復，以免造成更大的損壞。

目錄
第一章 前言
第一節計畫源起……………………………………………………………1-1
第二節計畫依據……………………………………………………………1-2
第三節規劃目標……………………………………………………………1-2
第四節古蹟基本資料………………………………………………………1-3
第二章 旗後天后宮相關歷史研究
第一節 從漁夫島到軍事要津………………………………………………..2-1
第二節開港、築港後的旗後………………………………………………2-16
第三節旗後天后宮之歷史研究……………………………………………2-50
第四節歷史文物現況調查…………………………………………………2-59
第三章 建築研究
第一節 天后宮興修沿革……………………………………………………..3-1
第二節建築形制及空間格局………………………………………………3-10
第三節匠藝與裝飾藝術……………………………………………………3-37
第四節　旗後天后宮之文化資產價值與定位………………………………3-75
第四章 現況調查與損壞評估
第一節 調查方法……………………………………………………………..4-1
第二節外部環境現況調查結果……………………………………………..4-5
第三節建築整體現況調查結果……………………………………………4-10
第四節結構與構造系統及安全評估……………………………………..4-51
第五章 修復計畫
第一節 旗後天后宮之文化資產價值與定位………………………………..5-1
第二節保存範圍建議………………………………………………………..5-4
第三節修復原則……………………………………………………………..5-8
第四節修復策略與內容……………………………………………………5-10
第五節建議事項…………………………………………………………...5-41
第六章 再利用計劃與管理維護計劃
第一節 再利用計劃…………………………………………………………..6-1
第二節管理維護計劃………………………………………………………6-18
參考資料
附錄
附錄一 現況測繪圖……………………………………………………………………附1-1
附錄二復原圖…………………………………………………………………………附2-1
附錄三木構件現況危害等級評估表…………………………………………………附3-1
附錄四現況調查表……………………………………………………………………附4-1
附錄五說明會會議記錄………………………………………………………………附5-1
附錄六訪談記錄………………………………………………………………………附6-1
附錄七《熱蘭遮城日誌》中的1632～1633 年的捕魚記事…………………………附7-1
附錄八審查意見回覆表……………………………………………………………….附8-1