管理項目主要在巡察、觀察與紀錄,計中雖有環境整理、垃圾清潔工作,但小溪貝塚位處於壽山国家自然公園內,其林相自然茂密,依法不得有任何整理林木的動作,任何對於林木的整理行為,均屬違法。因此,觀察項目亦包括周遭植被破壞情形,關於垃圾,壽山近30年來已形成良善的净山文化,每天早晚均有義工進行淨山行為。
無