古蹟修復的目的主要是在延續古蹟生命、彰顯古蹟歷史。鳳儀書院興建於清嘉慶年間、光緒年間整修後即未有大規模的整修，除了具有歷史價值外，在李乾朗教授的調查研究中亦對鳳儀書院的古蹟價值作了清楚的指認，包括有：
一、為台灣所存規模最大的書院，且主要空間格局均相當完整。
二、保留了完整的清朝中葉嘉慶年間的建築風格，在台灣建築史上有年代考證及風格特徵上之學術研究價值。
三、建築技術高明，雕飾精美。
「原貌復原」雖是古蹟修復的終極目標，但由於受限於相關資料的缺乏及多經過歷次的整修，因此一般在進行古蹟修復時，多採依現況加以整修。而鳳儀書院雖在日治後即成為郡役所宿舍，國府來台後又租借於民眾居住，由於土地所有權歸屬於公部門所有，因此民眾在進行修改建時，多由古蹟本體往外延伸擴充以增加居住面積，對於鳳儀書院古蹟建築本體除少數部位外多未加以破壞拆除，使得古蹟空間格局得以被清楚辨識。其次受限於居住者眾多及土地為承租使用，居民對於原有的構造亦多未加以破壞，其牆體、屋架、屋頂多仍維持原有風貌。

圖號索引表(一) 
全區配置修復圖 
全區鋪面配置圖
全區現況排水
全區修復後排水
照壁立面現況損壞圖
照壁剖面修復圖 
頭門左門罩立面、剖面修復圖 
頭門右門罩立面、剖面現況損壞圖
頭門右門罩立面、剖面修復圖
頭門前左側圍牆立面、剖面修復圖
講堂前左側圍牆現況損壞圖
講堂前左側圍牆修復圖
講堂前右側圍牆立面現況損壞圖
廳事柱子損毀修復內容表
右學舍平面修復圖
試院平面修復圖
廳事牆面裝修損毀及修復內容表
頭門地坪鋪面修復圖 
左學舍桁樑現況損毀及修復表(二) 
廳事屋頂平面修復圖
左學舍屋頂平面現況損壞圖
左學舍屋頂平面修復圖
右學舍屋頂平面修復圖
試院屋頂平面現況損壞圖
屋面損毀修復表(一)
屋面損毀修復表(二)
屋面損毀修復表(三)
屋面損毀修復表(四)
1X1-X1全區橫向剖面現況損壞圖（頭門部分）
2X1-X1全區橫向剖面修復圖（頭門部分）
3X2-X2全區橫向剖面現況損壞圖（講堂、試院部分）
5X3-X3全區橫向剖面現況損壞圖（廳事部分）
7Y1-Y1全區縱向剖面現況損壞、修復圖（頭門、講堂方向）
9廳事左立面、左學舍背立面現況損壞圖
11廳事右立面、右學舍背立面現況損壞圖
15頭門背向立面現況損壞圖
16頭門背向立面修復圖
17頭門左側立面現況損壞圖
18頭門左側立面修復圖
19頭門右側立面現況損壞圖 
20頭門右立面修復圖
21講堂正立面現況損壞圖
22講堂正立面修復圖
23講堂背立面現況損壞圖
24講堂背立面修復圖
25講堂左立面現況損壞圖
26講堂左立面修復圖
27講堂右側立面現況損壞圖
29廳事正向立面現況損壞圖
30廳事正立面修復圖
33廳事左立面現況損壞圖
34廳事左立面修復圖
35廳事右立面現況損壞圖
36廳事右立面修復圖
40左學舍左右立面修復圖
41右學舍正背立面現況損壞圖
42右學舍正背立面修復圖
43右學舍左右立面現況損壞圖
44右學舍左右立面修復圖
45試院正向立面現況損壞圖
46試院正向立面修復圖
47試院背立面現況損壞圖
48試院背立面修復圖
49試院左側立面現況損壞圖
50試院左側立面修復圖
全區縱向左明間剖面現況、修復圖
頭門左次間縱向剖面修復圖 
頭門明間左側屋架修復圖
頭門右次間縱向剖面現況損壞圖
頭門右次間縱向剖面修復圖
頭門右稍間剖面現況損壞圖
頭門看架現況損壞圖
頭門前三架橫向剖面現況損壞圖
頭門前三架橫向剖面修復圖 
頭門前一架橫向剖面修復圖
頭門後三架橫向剖面現況損壞圖
講堂左次間壁架現況損壞圖
講堂右次間壁架現況損壞圖
講堂右次間壁架修復圖
講堂前五架橫向剖面現況損壞圖
講堂前五架橫向剖面修復圖
講堂前三架橫向剖面修復圖
講堂看架現況損壞圖
講堂看架修復圖
講堂後三架橫向剖面現況損壞圖
講堂後四架橫向剖面現況損壞圖
講堂後四架橫向剖面修復圖
講堂後五架橫向剖面現況損壞圖
講堂後五架橫向剖面修復圖
廳事左稍間縱向剖面現況損壞圖
廳事左稍間縱向剖面修復圖
廳事左次間壁架現況損壞圖
廳事左次間壁架修復圖 
廳事左明間屋架現況損壞圖 
廳事左明間屋架修復圖 
廳事右明間屋架現況損壞圖 
廳事右明間屋架修復圖
廳事右次間壁架修復圖
廳事右稍間縱向剖面現況損壞圖
廳事右稍間縱向剖面修復圖
廳事前四架現況損壞圖
廳事前四架橫向剖面修復圖
廳事前三架橫向剖面修復圖
廳事後三架橫向剖面現況損壞圖
廳事後三架橫向剖面修復圖
廳事後四架橫向剖面現況損壞圖
廳事後四架橫向剖面修復圖
試院左次間屋架現況損壞圖
試院後五架橫向剖面現況損壞圖
試院後五架橫向剖面修復圖
D2門大樣圖
DW1~W2、C-D1、C-D4  門大樣圖
W2~W3鋁百葉窗大樣圖 
機電服務空間天花、屋頂平面圖
12H.D.P
全區解說牌配置圖
固定式解說牌詳細圖(一)
廳事牆面題詩展示圖
新建機電室結構接合詳細圖
水電管線示意圖